生化反應路徑資料庫的內涵式查詢

Abstract

後基因體時代，生物資訊研究的重心由 基因體與蛋白體逐漸轉移到生化反應路徑。由 於生化反應路徑的資料與日俱增，而且資料型 態比基因與蛋白質來的複雜，因此生化反應路 徑資料資料庫的查詢是一項充滿挑戰性的研 究領域。目前主要的生化反應路徑資料庫所提 供的查詢功能，皆是以參與反應的化合物或催 化反應的酵素名稱或編號為查詢條件，欠缺反 應路徑間相似性比較的能力。在本篇論文中， 我們將多媒體資料的內涵式查詢的觀念擴充 應用於生化反應路徑資料庫中，提出一種以矩 陣為基礎的比對兩個生化反應路徑內容相似 度的衡量方法，來讓使用者依樣本查詢(query by pathway example)生化反應路徑資料庫。可 以在數量龐大的反應路徑中，有系統地找到功 能相近的反應路徑，提供生物技術產業與製藥 業研發的一項利器。